Удельный князь Москвы Даниил основывает на берегах речки Даниловки первый московский мужской монастырь. Позже рядом с ним появляется одноимённая застава, через которую проходит Старая Польская дорога (ныне Варшавское шоссе).

Южнее монастыря за городской чертой строится село Даниловское, которое позже переименуют в слободу, а в 1906 году присоединят к Москве. В 1592 году с Полянки в район улицы Дубининской переносят ямскую слободу,  здесь же во времена первых Романовых возводят храм Флора и Лавра (перестроенный в 1778-м, частично взорванный при советах и восстановленный в 90-х, он стоит до сих пор).

Долгое время ямская слобода оставалась малоосвоенной. Её составляли несколько усадеб, сады и огороды. Но во второй половине 1800-х вместе с прокладкой железной дороги здесь начинается активное промышленное строительство: запускаются бумаго- и шерстепрядильная, обойная и чесальная фабрики, мыльный и клеевой заводы, кожевенные цеха. Среди предприятий была и ткацкая мануфактура Михайлова. Это та самая «Парижская коммуна», обувавшая весь Союз.

В 1900 году открывается первое здание Павелецкого (Саратовского) вокзала. В 1943 году закончено строительство станции метро Павелецкая, а в 1983 году — Тульской.
Дубининская, наконец, получает прямое сообщение с Даниловским Валом, в 1950-м на неё приходит трамвай «А» (он же «Аннушка»). В 90-х его маршрут был изменен, но улица без рельсового транспорта не осталась. Сегодня он связывает Дубининскую с центром города, Шаболовкой, Загородным шоссе, Чертановом, станциями метро «Университет», «Пролетарская».